他の市区町村や公立大学法人首都大学東京、その他団体との連携事業や、23区に共通する事務事業の支援などを行っています。
首都大学東京との共同事業
区民の自治の課題に関する自己啓発やキャリアアップなどの機会を提供するため、首都大学との連携により「首都大学東京オープンユニバーシティ」を開設しています。同大学教授等を講師とし、そのテーマも、地球環境・高齢化社会といった自治の課題など幅広いものとしています。
みどり東京アイコンオール東京62市区町村共同事業
都内62市区町村では、みどりを保全し温室効果ガス削減に取り組む「みどり東京・温暖化防止プロジェクト」を連携・共同して実施しています。これは、各自治体が行う自然環境保護、地球温暖化防止対策をより効果的なものとするため、さまざまな普及活動や共同行動を展開するものです。特別区協議会は企画運営の一翼を担っています。
特別区に共通する事務事業の支援
特別区有物件の損害の補てん事業
特別区が所有する財産（建物及び工作物、備品・機械）の火災による損害に対し、相互救済を行い、区財政の節減に寄与しています。
特別区自治体総合賠償責任保険
特別区の施設や業務に起因する事故について、「賠償責任保険」と「補償保険」をてん補する保険です。この契約・保険料の収納等の事務を取り扱っています。
自治調整資金等立替事業
特別区職員等の職務遂行に起因し発生した紛争にかかる費用の一部を立替える事業です。区職員等が安心して公務に従事できるよう、支援しています。